Entre las mercancías desembarcadas en Dejima durante el periodo de aislamiento, destacan el azúcar y los productos de confitería. Estas se transportaban a Osaka, Kioto y Edo a través de la ruta Nagasaki Kaido, que partía de Nagasaki y llegaba a Saga y Kokura, y que acabó provocando un gran cambio en la cultura culinaria y de los productos de confitería. En respuesta a este hecho histórico, cada prefectura y ciudad de Kyushu por donde pasaba la ruta ha denominado a Nagasaki Kaido "la ruta del azúcar" con el fin de promover la revitalización local.

La caza de ballenas se practica en Nagasaki desde el periodo Jomon. Durante este periodo, las ballenas capturadas en los mares circundantes se reunían en Higashisonogi, en la bahía de Omura, y se distribuían a varias partes de Japón, lo que condujo al desarrollo de la cultura de comer ballenas. Incluso hoy, se suele comer ballena en ocasiones festivas, y se dice que la prefectura tiene el mayor consumo per cápita de carne de ballena de Japón. El guiso de ballena es uno de los platos típicos de la época moderna. Se suele comer en la zona central como un guiso con patatas y carne de ballena.

La ciudad de Isahaya, donde se cultivan arroz, verduras y frutas desde la antigüedad, ofrece una serie de platos locales únicos en los que se utilizan muchas verduras. Un ejemplo típico es el nuppe, un plato denso elaborado con verduras guisadas como el taro, la raíz de bardana, el rábano y la zanahoria. Es básicamente un plato vegetariano, pero a veces se le añade carne de ballena o pollo y se sirve en ocasiones festivas.

Se dice que el guzoni fue preparado por primera vez por Amakusa Shiro, el general de la Rebelión de Shimabara de 1637, cuando él y sus más de 37 000 seguidores cristianos estaban asediados en su castillo, con el fin de recuperar la fuerza y la resistencia para una larga batalla. Todavía hoy se sirve en casa en ocasiones festivas, como el Año Nuevo y otros días festivos. Suele prepararse hirviendo tortas de arroz y otros ingredientes, en un caldo en una olla de barro y se come tal cual.

El Rokube es un plato local del que se dice que tiene su origen en una hambruna ocurrida en 1792, cuando un terremoto volcánico provocó un tsunami que devastó las tierras de cultivo.
En aquella época, la gente comía boniatos, los cuales crecían incluso en tierras áridas, como alimento básico para sobrevivir a la hambruna, pero a un hombre llamado Rokube de la aldea de Fukae (actual Fukae-cho, ciudad de Minamishimabara) se le ocurrió la idea de hacer fideos con harina de boniato, que se utilizaba para hacer productos no perecederos. Al parecer, este fue el prototipo del plato Rokube que se ha transmitido hasta nuestros días. El Rokube solía ser la comida de los pobres, pero actualmente se disfruta ampliamente como un plato local sencillo pero sabroso con diversos arreglos de sabor, por ejemplo, utilizando variedades mejoradas de boniato.

Se dice que el arumado, que es una pasta con huevos, se elaboró por primera vez en la zona de Hirado durante el periodo de aislamiento. Este nombre de estilo occidental se dice que deriva de la palabra holandesa "almatore" (envolver) o de la portuguesa "armado" (armar). Cuando se corta a la mitad, se puede ver que el huevo está coloreado de rojo en su perímetro, y ha sido durante mucho tiempo un plato popular en ocasiones festivas como el Kunchi (una fiesta de la cosecha de otoño) y el Año Nuevo. Recientemente, un número creciente de tiendas locales especializadas en kamaboko (pastel de pescado) han comenzado a vender este plato de forma regular, convirtiéndolo en un elemento cada vez más común en la mesa.

Por otra parte, a causa de la escasa cantidad de tierra cultivable, el cultivo del arroz no prosperó y durante mucho tiempo la agricultura se centró en la producción de cereales menores y patatas. El kankoro, un alimento tradicional no perecedero que se elabora cortando boniatos en finas rodajas y secándolos al sol, es un remanente de esta tradición. Debido a que la zona de Goto está situada a sólo 80 km de la península de Corea, en el pasado se introdujo una gran cantidad de cultura culinaria coreana y china, y a partir de ella se han creado muchos platos únicos
El kankoro mochi es un pastel de arroz que se elabora mezclando kankoro, un alimento no perecedero que se elabora secando boniatos al sol, con arroz glutinoso y machacándolo hasta conseguir una pasta. En el pasado, cuando se elaboraba como alimento no perecedero para el invierno, era un simple pastel de arroz endulzado sólo con boniatos, pero en los últimos años se ha convertido en algo parecido a un wagashi (dulce tradicional japonés) con azúcar añadido, y está ganando popularidad como especialidad local.

El alforfón Taishu es un tipo de alforfón similar a la variedad original, introducido desde el continente a través de la península de Corea durante el periodo Jomon. Al ser Tsushima una isla remota, hay pocas posibilidades de mestizaje con otras variedades, y allí se sigue cultivando el pequeño alforfón el cual conserva las características de la especie original. Los fideos que se elaboran con él destacan por su fuerte resistencia cuando se machacan y por tener un sutil sabor amargo. En 2018 se registró bajo el sistema de protección de la Indicación Geográfica del país, siendo la primera vez que se hace esto para el trigo sarraceno en Japón.